目录 1996~2000
剧集说明（搬自度娘，本人很懒！）
1.下方“分集剧情”列表中，“★”标注表示加长版特别篇（参考下文“加长版特别篇”部分），“◆”表示动画原创（即漫画原作中没有的），“b”表示出现黑衣组织，“f”表示出现fbi，“c”表示出现cia，“s”表示出现工藤新一，“x”表示出现服部平次，“k”表示出现怪盗基德。（注意不要将标注与动画名称相混淆）关于主线剧情的情况，请参考下文“主线剧情简介”部分。
@1996年（1~42）
1云霄飞车杀人事件b/s
2董事长千金绑架事件
3偶像密室杀人事件
4大都会暗号地图事件
5新干线大爆破事件
6情人节杀人事件◆
7每月一件礼物恐吓事件
8美术馆杀人事件
9天下第一夜祭杀人事件
10足球选手恐吓事件
11（11~12）钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件★
12（13）步美被绑架事件
13（14）奇怪的寻亲杀人事件
14（15）谜样的讯息狙击事件◆
15（16）消失的尸体杀人事件
16（17）古董收藏家杀人事件
17（18）百货公司挟持事件◆
18（19）六月新娘杀人事件
19（20）电梯杀人事件◆
20（21）鬼屋杀人事件
21（22）电视台外景队杀人事件◆
22（23）豪华客轮连续杀人事件（前篇）
23（24）豪华客轮连续杀人事件（后篇）
24（25）丧失记忆的美女事件◆
25（26）真假人质绑票事件◆
26（27）爱犬约翰杀人事件◆
27（28）小五郎同学会杀人事件（前篇）
28（29）小五郎同学会杀人事件（后篇）
29（30）计算机杀人事件◆
30（31）不在场证明杀人事件◆
31（32）电视台杀人事件
32（33）咖啡厅杀人事件
33（34）侦探团生还事件◆
34（35）山庄绷带怪人杀人事件（前篇）
35（36）山庄绷带怪人杀人事件（后篇）
36（37）星期一晚上7:30杀人事件◆
37（38）仙人掌花杀人事件◆
38（39）赤鬼村火祭杀人事件
39（40）企业家千金杀人事件（前篇）
40（41）企业家千金杀人事件（后篇）
41（42）优胜锦旗被割事件◆
42（43）卡拉ok厅杀人事件
@1997年（43~85）
43（44）江户川柯南诱拐事件
44（45）堀田三兄弟杀人事件◆
45（46）敷面膜杀人事件◆
46（47）雪山山庄杀人事件
47（48）健身俱乐部杀人事件◆
48（49）外交官杀人事件（前篇）x
49（50）外交官杀人事件（后篇）s/x
50（51）图书馆杀人事件
51（52）高尔夫练习场杀人事件◆
52（53~54）雾天狗传说杀人事件★
53（55）神秘凶器杀人事件◆
54（56）电玩公司杀人事件b
55（57）列车手法杀人事件◆
56（58）清洁车杀人事件◆
57（59）福尔摩斯迷杀人事件（前篇）x
58（60）福尔摩斯迷杀人事件（后篇）x
59（61）首次购物杀人事件◆
60（62）插画画家杀人事件
61（63）幽灵船杀人事件（前篇）◆
62（64）幽灵船杀人事件（后篇）◆
63（65）大怪兽哥梅拉杀人事件
64（66）第三个指纹杀人事件◆
65（67）螃蟹和鲸鱼绑架事件◆
66（68）夜路杀人事件◆
67（69）舞台女演员杀人事件◆
68（70）暗夜男爵杀人事件（事件篇）
69（71）暗夜男爵杀人事件（疑惑篇）
70（72）暗夜男爵杀人事件（解决篇）
71（73）米花之狼杀人事件◆
72（74）三胞胎别墅杀人事件
73（75）少年侦探队遇难事件◆
74（76）死神阵内杀人事件◆
75（77）金融公司社长杀人事件
76（78~79）柯南vs怪盗基德★k
77（80）名门连续惨死事件（前篇）x
78（81）名门连续惨死事件（后篇）x
79（82）银行强盗杀人事件◆
80（83）流浪画家杀人事件◆
81（84）当红歌星绑架事件（前篇）
82（85）当红歌星绑架事件（后篇）
83（86）综合医院杀人事件◆
84（87）滑雪别墅杀人事件（前篇）
85（88）滑雪别墅杀人事件（后篇）
@1998年（86~128）
86（89）诱拐现场特定事件◆（注：该集根据漫画《名侦探柯南特别篇》第1卷改编，并非青山刚昌的原作）
87（90）白鹤报恩杀人事件◆
88（91）德休拉别墅杀人事件（前篇）◆
89（92）德休拉别墅杀人事件（后篇）◆
90（93）花香杀人事件◆
91（94）抢匪住院事件
92（95）恐怖登山杀人事件（前篇）◆
93（96）恐怖登山杀人事件（后篇）◆
94（97）雪女传说杀人事件◆
95（98）小五郎约会杀人事件◆
96（99~102）走投无路的名侦探！连续两大杀人事件★
97（103）离别美酒杀人事件◆
98（104）名陶艺家杀人事件（前篇）
99（105）名陶艺家杀人事件（后篇）
100（106）初恋情人回忆事件（前篇）
101（107）初恋情人回忆事件（后篇）
102（108）古装演员杀人事件（前篇）
103（109）古装演员杀人事件（后篇）
104（110）盗贼集团别墅事件（前篇）
105（111）盗贼集团别墅事件（后篇）
106（112）新闻照片杀人事件◆
107（113）鼹鼠星人之谜事件（前篇）◆
108（114）鼹鼠星人之谜事件（后篇）◆
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